首批在埃及定居的人，是大約50萬年前，舊石器時代的遊牧（nomadic）或半遊牧族群。這些人以打獵、捕魚、採集維生，並使用簡單的石製工具（加上骨、木、獸角等有機物）。此時陶器尚未發展出來。
這時期的知名據點包括Taramsa，是埃及已知最早的史前墓葬（距今約5.5萬年），以及在Nazlet Khater的燧石礦場（chert mines）及墓葬（距今約3-3.5萬年前）。
【延伸】Taramsa的簡介影片
在新石器時代，農牧取代漁獵採集。農業的發展產生更多餘糧，促使人口大幅增長，以及特殊工藝技術（例如陶器）的發展。
農村開始在各地出現，隨著聚落擴大，社會階級也複雜起來。合作帶來好處，但疾病以及社會緊張的風險也提升。這時期也誕生了古埃及第一個大型建築物——Nabta Playa的巨石陣（年代與用途仍有爭議）。
這個時期又分為幾個各具特、以地為名的文化群體。我們有相當多關於下埃及村落的資訊，上埃及卻少找到聚落遺跡。相反的，我們對南方的葬俗比北方有更多了解。
前王朝時期結束在埃及的統一，此後進入早期王朝時期。
以下簡介幾個與後世所謂「古埃及文明」有較明顯關係的史前文化：
巴達里文化（Badarian Culture）
巴達里（El Badari，以及El Matmar、El Etmanieh、El Hammamiya、El Mostagedda）首先提供上埃及有新石器工業的明確證據 。位於法尤姆（Faiyum）南方的尼羅河東岸，巴達里是一群半遊牧民，由小聚落組成，並開始培植穀物及訓養家畜。
巴達里文化確切涵蓋的時間尚有爭議，比較確定的是西元前4400-4000年，但可能早在西元前5000年就已成形。原先認為他們從南方而來（部分因為他們使用的工具相對簡單），但普遍認為農業和蓄養牲畜非源自南方，而是東方。他們可能源自下埃及的梅里德文化（Merimde culture）和西方沙漠的新石器文化。
巴達里文化首先以其特色陶器作為識別。陶器由尼羅河紅土所製，通常內部與口緣是黑色，表面還有梳（combing）和拋光產生的裝飾性水波紋。
儘管他們的工具相對簡單，陶器的品質卻值得注意。部分例子的器壁厚度甚至比任何其他前王朝時期文化的發現都還薄。
目前沒有找到他們的居住遺跡，只有儲物坑，以及推測可能支撐蘆葦、獸皮、草蓆等輕結構的柱洞。他們種植二粒小麥（emmer）、大麥（barley）、扁豆（lentil）和亞麻（flax），豢養牛羊（sheep, goats, and cattle），此外也捕魚為食，但鮮少打獵的證據。
在巴達里文化找到的銅錐、銅針、皂石（steatite）珠子、貝殼，以及綠松石（turquoise）被認為是從紅海和巴勒斯坦地區貿易而來，但也不是不可能巴達里人自行取得銅和孔雀石（malachite），而他們的技術比原本設想的先進。
他們將死者埋葬在這些聚落外圍的小墓，也為一些他們養的動物舉行儀式性埋葬。墓坑為橢圓或矩形，身體通常以蜷縮的姿勢左側躺入土，且面向西而頭朝南方。通常有蘆葦草蓆或獸皮覆蓋身體。
儘管墓穴本身很簡單，但死者有精緻陶器、珠寶、布料、皮毛陪葬，有時還包括一件做工精良、象徵女性生殖力的人偶和一塊化妝調色盤。
納卡達文化（Naqada Culture）
約在西元前4,500年，納卡達文化取代巴達里文化成為上埃及最重要的史前文化。這個文化的名稱來自找到諸多此時期考古證據的城市──納卡達。
納卡達一期（Naqada I）
比較早的階段（納卡達一期，也被稱為阿姆拉特文化［Amratian］，因為考古遺物在同名村落附近發現）與巴達里文化平行並存，但漸漸取代它。他們居住在小村落，並且發展出尼羅河谷的耕種，但最著名的是工藝方面的成就，以及在象徵女性生殖力的人偶之外，多了蓄鬍的男偶。
每個村落有各自與村民所屬部族連結的動物神，這是構成古埃及行政區（Nome）系統的基礎，將埃及劃分成數個以各自圖騰為代表的地區。
納卡達一期的墓地裡，死者有小雕像同葬，陪伴他們的死後生活，這些就是古埃及墓葬中ushabti偶的前身。除了這些小像，死者還有食物、武器、護身符、飾品，以及經過裝飾的瓶子和調色板陪葬。
納卡達二期（Naqada II）
納卡達二期（也被稱作格爾津文化［Gerzean］，因為在一個同名村落發現得名）大約始於西元前3500年。這個文化熟稔耕種，並懂得使用人工灌溉技術，不再需要靠打獵找食物。人們建築城鎮（towns），不再只是小村莊（villages），創造出比以往人口密度都更高的地區。
此文化持續發展他們的藝術傾向，創造新風格的陶器，以及更繁複的雕刻。現已找到許多動物型或盾型的調色盤（用來調化妝品），它們與早期王朝的儀式性調色板（例如納爾邁調色盤）有清楚的發展連結。他們也發展金屬製作方面的技術，特別是會用來與美索不達米亞以及其他亞洲人交易的銅器。
柱形印（典型的美索不達米亞物件）的引進顯示他們也受鄰居影響，但大家熟知的埃及神祇，諸如哈索爾、拉、荷魯斯也都可追溯至這個時期。
柱形印或滾筒印章，英文為cylindrical seal或cylinder seal，大多是2-3公分高的短柱形，形似軟木塞，但通常為石刻，側邊有雕紋，可以在泥板、陶器上滾印出來。這種東西直到王朝時期還有使用，可參見〈古埃及王表〉。
他們的葬俗也有所改變，開始建造以石材或木材貼壁的矩形墓，屍體也不再特別面朝落日。陪葬品品質也出現顯著貧富差距，裡面許多陶器在葬禮時經過儀式性砸碎。希拉孔波利斯（Hierakonpolis，希臘化埃及地名，意思即鷹隼城）100號墓是目前已知最早具有裝飾的埃及墓。它最有可能是地方領袖的長眠地，但也可能是在納卡達三期時被重新裝潢再利用。
納卡達二期在建築方面也有大躍進。在尼肯（Nekhen，鷹隼城古地名）就發現一座王宮和祭祀區，是尼肯的的荷魯斯（Horus of Nekhem）之祭祀中心。其中有個橢圓形中庭，周遭小建築圍繞，很明顯是早期王朝時期祭祀區的前身。這裡的一些特點（由木材和草蓆建造）也呼應在左賽爾階梯金字塔建築群的結構中。
納卡達三期（Naqada III）
納卡達三期（也稱作賽曼尼文化［Semainean］）是西元前3200-3000年間的一個短階段，常被稱為原型王朝（protodynastic）時期或第零王朝。這此期間，上、下埃及文化有顯著差異。
大約有13位國王從尼肯（鷹隼城）統治上埃及，可惜目前只有最後幾位被辨識出來。這些國王以動物為名，無疑是和他們家鄉鍾愛的圖騰有關。統治者被視為神的化身（就如同後世法老被當作「拉之子」），並戴上埃及的白冠。此時期的藝術顯示，他們是尚武的族群（例如蠍王權錘頭scorpion macehead、納爾邁權錘頭Narmer macehead、納爾邁調色盤Narmer Palette）。
在下埃及，系統比較官僚和商業化。重要家族統治小地區，且尚未出現僵固的階級。統治者穿戴下埃及的紅冠。下埃及有七王被列在巴勒莫石碑上，然而，關於他們所知很少，甚至有人懷疑他們的存在。布頭（Buto）一般被認為是當時下埃及最大、最重要的城鎮，但在Ma’adi和Tell Farkha也有人口集中。上埃及明顯影響了下埃及人的藝術，因為這個時期所找到的陶器幾乎都來自上埃及。
荷魯斯和奈赫貝特（Nekhbet，Al Kab的禿鷲女神）代表上埃及，賽特和瓦潔特（Wadjet，布頭的眼鏡蛇女神）則代表下埃及。禿鷲和眼鏡蛇的結合，成為法老主宰兩地的象徵。
一些學者認為「荷魯斯的追隨者」（由納爾邁或Hor Aha帶領）擊敗「賽特的追隨者」，使尼肯成為最強大的城市，並讓荷魯斯晉身為眾神之王，法老因而是活著的荷魯斯。納爾邁調色盤也確實呈現王戴著上、下埃及的王冠，還有一個荷魯斯宰制被認為象徵下埃及的人格化沼澤之圖象。
本文節選翻譯自Ancient Egypt Online